5月7日凌晨1:00—4:00左右，广州全市普降特大暴雨，降雨量达213mm，其中凌晨2:00左右的一小时雨量达99.1mm，成为广州历史上百年一遇的强降雨。此次降雨强度大、时间集中且在凌晨，结果导致全市性洪涝灾害，华南植物园亦未幸免，遭受严重水灾。

根据7日上午的现场勘察，华南植物园展示区大面积被雨水覆盖，大部分专类园被淹，许多珍贵植物被水淹没或冲走，部分水域呈一片汪洋。较严重的是新建景观温室群的自动控制设备、水电、空调、喷灌系统等全部被淹，仪器设备与供水供电系统全部瘫痪。其中热带雨林室几成植物“水牢”；高山/极地室的地下过道淹水深度近2m，植物水族馆直接淹没，展示区地下停车场更遭“灭顶”之灾。此外，园区多处围墙被洪水冲跨和塌方，众多的科研用地与实验现场浸泡在水中，科研设施遭受严重损失。幸运的是，全园没有出现房屋倒塌和人员伤亡等重大事故发生。

暴雨灾害发生后，华南植物园领导高度重视，黄宏文主任、魏平副主任第一时间亲临现场，调动各方面资源与力量，坐阵指挥抗洪救灾。同时采取各种办法疏通渠道，抽排积水，转移、抢修设备，力争使灾害减少到最低程度。任海书记、傅声雷副主任在外地出差或开会，得知水灾消息后急忙赶回，立即投入到抗洪救灾的第一现场，并慰问受灾职工及家属，协调解决宿舍区供水供电畅通。园领导还积极组织各部门尽快开展灾后统计和恢复重建工作。据不完全统计，全园近200名干部职工投入到抗洪救灾的第一线。

导致华南植物园此次严重洪涝灾害，除了大强度降雨和排水不畅外，更重要原因是园区周边市政配套设施功能不完善，如市政泄洪河涌排水不畅，导致洪水倒灌入园区；由于植物园地势较低，广汕公路汇集的雨水几乎全部涌入了该园。