2006年是三期创新的第一年。回顾刚刚过去的一年里，华南植物园开局良好，特别是在争取科研项目、创造科研成果方面继续保持了良好发展势头，成效显著。
    在争取科研项目方面：新签订科研项目合同经费首次超过2000万元，达到了2102万元；到位科研经费达1800万元，创历史最好水平；2个项目获得863计划资助，实现华南植物园近7年来承担863计划零的突破；国家基金获资助情况继续保持良好势头，连续2年获得重点项目资助，资助总额接近400万元，同时还获得1项首批国家基金委和广东省基金委的联合基金项目。
    在科研产出方面：2006年发表SCI论文首次突破100篇大关，达到104篇，各领域前30%论文29篇，达到发表总量的28%。特别值得一提的是，国际权威学术杂志《Science》刊登了周国逸等科学家的重要发现“成熟森林土壤可持续积累有机碳”，引起了广大生态学家的密切关注以及众多国内外读者及媒体的极大兴趣。该论文的观点有力冲击了成熟森林土壤有机碳平衡理论的传统观念，可能将从根本上改变学术界对现有生态系统碳循环过程的看法，并将催生生态系统碳循环非平衡理论框架的建立。
    在科研成果方面：连续2年获得广东省科学技术奖一等奖。“热带亚热带森林生态系统碳、氮、水耦合研究”获得2006年度广东省科学技术奖一等奖；“植物对大气污染的敏感性反映及其净化作用与应用研究”分别荣获了2006年度广东省环境保护科学技术奖一等奖和国家环境保护科学技术奖三等奖。